胡克和牛顿在历史上也算是一对欢喜冤家。两个人都在力学，光学，仪器等方面有着伟大的贡献。两人互相启发，但是也无需讳言，他们之间存在着不少的激烈争论，以致互相仇视。除了关于光本性的争论之外，他们之间还有一个争执，那就是万有引力的平方反比定律（ISL）究竟是谁发明的问题，在科学史上也是一个著名的公案。

胡克在力学与行星运动方面花过多年心血，提出过许多深刻的洞见。1679－1680年，胡克与牛顿进行了一系列的通信，讨论了引力问题。牛顿虽然早年就已经在此领域取得过重大进展，但不知是荒废多年还是怎么地，这次却是大失水准，他竟然把引力看成不随距离而变化的常量，并认为物体下落是一个圆螺线。胡克纠正了他的错误，并在1月6日的信中假设引力大小是与距离的平方成反比的，虽然说得比较模糊。胡克把牛顿的错误捅到了皇家学会那里，这使得牛顿极为光火，他认定胡克是存心炫耀，并有意让他出洋相。于是乎两人间波粒的旧怨未愈，引力的新仇又起。传统的科学史专家也以为胡克有卖弄之嫌，但近来人们更倾向于认为，胡克根本没意识到这个问题。胡克是以皇家学会的名义与牛顿通信的，而讨论问题并在学会朗读交流结果本来就是他当时的本职工作，胡克后来仍旧不断地给牛顿写信讨论，完全不知道对手已经怒不可遏。

胡克与牛顿的这次通信是科学史上极为重要的话题。牛顿后来虽然打死也不肯承认胡克对其有所帮助，但多数科学史家都认为胡克在这里提供给了牛顿关键性的启发。没有胡克的纠正，牛顿一直错误地以为行星运动是在两个平衡力——向心力和离心力同时作用下进行的。到了1684年，胡克和牛顿分别试图证明平方反比的引力导致椭圆轨道（也就是ISL定律），胡克吹嘘说他证明了，但从未拿出结果。牛顿也说他早就证明过——同样没有任何证据。不过几个月后，牛顿重写了一份手稿，也就是著名的《论运动》（De Motu），这成为后来《原理》的前身。

《原理》发表后，胡克要求牛顿承认他对于平方反比定律发现的优先权，在前言里提及一下。牛顿再次狂怒，他暴跳如雷，从《原理》里面删掉了绝大多数有关胡克的引用。剩下不多的，用词也从“非常尊敬的胡克先生”变成了简单的“胡克”两个字。他是如此怒气冲天，甚至拒绝出版《原理》第三卷。在牛顿眼中，胡克完全是个江湖骗子，靠猜想和碰运气来沽名钓誉。许多科学史家也曾以为胡克猜想的成分居多，不过，加州大学桑塔克鲁兹分校的Michael Nauenberg教授从胡克的一幅最近披露的图稿中得出结论，胡克在这个问题上的认识要比人们传统认为的深刻得多，他所采用的几何证明手法和牛顿后来在《原理》中所使用的是类似的，所差的只是胡克不懂微积分而已。ISL定律的发明权仍应归于牛顿，可是胡克显然在其中占有重要，甚至关键的地位。

应该说胡克也是一位伟大的科学家。他曾帮助波义耳发现波义耳定律，用自己的显微镜发现了植物的细胞，《显微术》更是17世纪最伟大的著作之一。他是最杰出的建筑设计师和规划师，亲自主持了1666年伦敦大火后的城市重建工作。如今伦敦城中的许多著名古迹，都是从他手中留下的。在地质学方面，胡克的工作（尤其是对化石的观测）影响了这个学科整整30年。他发明和制造的仪器（如显微镜、空气唧筒、发条摆钟、轮形气压表等）在当时无与伦比。他所发现的弹性定律是力学最重要的定律之一。在那个时代，胡克在力学和光学方面是仅次于牛顿的伟大科学家，可是似乎他却永远生活在牛顿的阴影里。今天的牛顿名满天下，但今天的中学生只有从课本里的胡克定律（弹性定律）才知道胡克的名字。胡克的晚年相当悲惨：他双目失明，被几乎所有人抛弃（其侄女兼情人死了多年），1688年之后，胡克就再没从皇家学会领过工资。他变得愤世嫉俗，字里行间充满了挖苦。胡克死后连一张画像也没有留下来，据说是因为他“太丑了”。但也有学者言之凿凿地声称，正是牛顿利用职权有意毁弃了胡克的遗物，作为对他最后的报复。

从90年代中期开始，胡克逐渐迎来了翻身的日子，他的名字突然成为科学史界最热的话题之一。2003年是胡克逝世300周年，科技史学者们云集于胡克毕业的牛津和他生前任教的格雷夏姆（Gresham）纪念这位科学家。许多人都呼吁，胡克的科学贡献应当为更多的世人所知。