宋慈在二十多年的仕宦生涯中，为官清廉，生活朴实，一生无其他嗜好，唯爱收藏异书名帖，喜金石刻。晚年的他更加谦虚谨慎，爱惜人才，后生晚辈中，凡有一技之长，都会得到他的提拔引荐。他年老时有病在身，但一切公务，他必亲自审察，还是一如既往地一丝不苟，慎之又慎。
宋理宗淳佑八年（1248年），宋慈任宝谟阁直学士，奉命掌管刑狱的工作。在此期间，他兢兢业业，听讼清明，决事果断。翌年，升任焕章阁直学士、广州知州与广东经略安抚使。有一天，他忽患头晕病，尽管如此，他仍然参加了祭孔典礼。从此以后，他的身体健康状况越来越不好，同年三月初七，宋慈终因病魔缠身，久治不愈，病逝于广州寓所，享年64岁。次年七月十五日，归葬建阳县崇雒里（今崇雒乡）建阳宋氏祖居地昌茂村。宋理宗亲自为宋慈书写墓门，以此凭吊宋慈功绩卓著的一生。并赐赠朝仪大夫，赞誉他为“中外分忧之臣”，亲手题写墓碑“慈字惠父，宋公之墓”。
七百多年过去了，他仍然活在长汀人民的心中。为了纪念宋慈在长汀的政绩和功德，人们在汀江河畔立碑建亭，以示对他的永远怀念。后来宋慈的墓地迁至福建建阳市崇雒乡昌茂村西北，虽经战乱、兵祸，宋慈的事迹和身世也逐渐模糊，但《洗冤集录》却时时提醒人们，历史上曾经有一个兢兢业业的大宋提刑官，历史上曾经有一个重证据实的理性年代，即使七百多年过去了，人文大宋依然得到了世界的推崇。文明的力量是长久的，而暴力征战只能得逞于一时。
或许是由于《宋史》无传，宋慈的一生行迹只见载于刘克庄为他作的《宋经略墓志铭》，以及清人陆心源《宋史翼》中的《循吏传》，以致后人对宋慈的了解很难详细而全面。特别是《洗冤集录》在总结前人断案经验时，基本上删去了具体案例的情节，而只是提炼那些带有规律性的检验方法与技术。至于宋慈在提刑司一职上究竟都处理过哪些刑案，除去刘克庄所作墓志铭笼统地提及治理赣闽“盐子”剽掠以及在广东八个月内处决死刑等重大案件二百多件以外，文献中没有更多的线索。这就使得后人只能从“循吏”的角度去认识和评价宋慈。这种具体史事和案例的缺失，却也为后人用文学艺术手段去重塑宋慈形象（即所谓“戏说”）留下了充分的想象的空间。
清陆心源编撰《宋史翼》补续了《宋史》，才把宋慈列入“人物志”。清纪晓岚修纂《四库全书》摘要介绍《洗冤集录》，却对宋慈“始末未详”。直至上世纪八十年代末中国大学历史系的《中国通史》，九十年代末北大出版的《中华文化之光》，也没有宋慈名录。究其原因，有专家说：封建社会更青睐文人的才情和武人的战功，宋朝以前，我国各地衙门就有“仵作”，或叫“行人”。“他们替检验官员充当帮手，抬尸体，涂药酒，报伤痕，接触的是常人避之不及的腐肉、血液、斑迹，一向被统治阶级蔑为‘贱役’。宋慈处于宋明理学备受推崇的时代，检验职业的黯淡就似乎‘顺理成章’了。”
“千古悠悠，有多少冤魂嗟叹。空怅望，人寰无限，丛生哀怨。啼血蝇虫笑苍天，孤帆叠影锁白链。残月升，骤起烈烈风，尽吹散。滂沱雨，无底涧。涉激流，登彼岸。奋力拨云间，消得雾患。社稷安抚臣子心，长驱鬼魅不休战。看斜阳，照大地阡陌，从头转。”这是近年来热播的电视连续剧《大宋提刑官》的主题歌，正是由于这部《大宋提刑官》的推广，宋慈才得以深入人心。
这部被称为“大型古装纪实悬疑推理剧”的《大宋提刑官》，是中国2003年开始拍摄的一部电视连续剧，共五十二集，主要讲述南宋提刑官宋慈的事迹，参考宋慈著作《洗冤集录》拍摄而成。在电视剧《大宋提刑官》热播之后，不少观众被剧中的宋慈所吸引，并对宋慈的破案推理产生兴趣，社会对《洗冤集录》的关注也越来越多。
该剧将宋慈塑造为一位“古代法医学先驱”或“刑侦专家”的形象，剧中的宋慈受任提点刑狱官后，凭着他那一手“检验”“推理”的绝妙手段，接连侦破了“太平县冤案”、“李府连环案”、“毛竹坞无名案”、“城南井尸案”、“遗扇嫁祸案”、“梁雨生命案”、“李玉姑失踪案”等一桩又一桩的疑难命案，因此得到“神断宋提刑”的美称。观众在惊叹宋慈断案神奇、公正的同时，也无不在感慨宋慈的《洗冤集录》，不仅是法医学与警察学的开山鼻祖，而且更是洗冤救民的光辉典章。
宋慈作为宋朝伟大的提刑官，伟大的法医而被后世所景仰。如今，宋慈墓坐落在福建省建阳市崇雒乡昌茂村旁。该墓为石砌穹隆形封土堆，坐西北朝东南，面积约一千平方米。由于长年失修，被埋于荒丘野草之中。经宋大仁教授呼吁，1955年组织力量经多方寻找，终于得寻断碑“慈字惠父宋公之墓”，地点与道光《建阳县志》所载相符，1957年和1982年县政府拨款对墓地进行全面修整，拓宽墓道，建亭。修缮一新的宋慈陵园占地面积约一千平方米。墓冢保存完整，为石砌园形封土堆，直径约1.9米，高约1.7米，坐西北朝东南。墓前立石碑一方，上书“宋慈惠父之墓”。陵园内处处绿树掩映，一派恬静与盎然景象。中国法医学会学者、专家曾多次到此祭祀宋慈，并立碑为记，碑文曰：“业绩垂千古，洗冤传五洲。”有人又用这样的对联来凭吊宋慈，真是恰如其分：
渴望流芳，未竟一枝，结果鲜花零落；
不求闻达，永存一业，必然绿树成荫。