龙的原型究竟是什么动物一直众说纷纭，要解开这个谜团，须从华夏民族的悠久历史中去追溯。
当原始人类从以采集野果和渔猎为生转向以种植为生的时候，谷物成了主要食物，而收获数量就决定了人们的生存质量。还处在进化初级阶段智慧尚不发达的古代人，面对自然界变化无常且频繁发生的各种灾害，既无法理解也无力控制，但又不甘心听任大自然摆布，于是就寄希望于一些可以左右大自然以帮助抵御灾害的神灵，企图通过祈祷和供奉这些神灵图腾以求得护佑。
在华夏民族的发祥地黄河流域，受温带季风气候影响，洪涝灾害对人威胁极大，所以人们渴求有一种能主宰雨水，保佑风调雨顺、五谷丰登的神灵。处在不同地域和环境中的古代人类，感受到的身边自然物的益处和害处不同，因此，人们心目中代表自然物精华和灵气的对象也各不相同，某种生活在身边的动物就是最常用的造神素材，于是我们的祖先便创造出一种以我国特有的鼍属鳄科爬行动物——扬子鳄为原型的寓意性主水神灵形象——龙。
扬子鳄这种曾与恐龙共同生活了一亿
多年，至今仍奇迹般保持了原始形态的“活化石”是如何被塑造成龙的呢？夏商朝以前，黄河流域的环境像《水经注》记载的“杂树交荫，云垂烟接”那样，曾是山清水秀、植被丰富的地方，古气象学的研究表明那时气候还相当温暖潮湿，因此生活着大量的扬子鳄。由于扬子鳄狰狞的相貌、能在水中和陆地两栖生活的奇特习性以及经常在水中半潜似隐似现的诡秘行踪，古人对它产生了既恐惧又敬畏的心理，所以众人眼中具有威严和神秘感的动物——扬子鳄便成了主水神灵形象的原型。
尽管龙的形象在古人言传口授的相传中融合、兼并其他动物的内容，人为扭曲变形，导致走失了原来的模样，但仍然具有扬子鳄的全部基本形态特征：
（1）披满鳞甲的身躯；
（2）长颚大口和位于头顶的翘鼻；
（3）锋芒毕现的锥形尖牙；
（4）大而圆的突起的眼睛；
（5）粗壮的长尾；
（6）强健的四肢和五指利爪；
（7）有横条纹的腹部。
为了弥补扬子鳄秃头尖尾有损神灵形象的缺陷，古人发挥了充分的想象力，给它添加了角、须、尾鳍，还把它背部纵向排列的突起角质棘刺换成锯齿状背鳍，并拉长躯体以渲染气势，提升装饰效果，于是扬子鳄就被塑造成了传说中描绘的张牙舞爪、能腾云驾雾的龙的形象了。虽然经过艺术夸张后，幻化的龙与现实中的扬子鳄有了许多不同之处，但对比之下，仍可看到扬子鳄——长颚、尖牙、披鳞、利爪等主要特征的影子。
后来黄河流域由于人为破坏生态，乱砍滥伐，造成水土流失、环境恶化、气候变冷，适宜于暖湿环境的扬子鳄难以生存便逐渐绝迹了（现仅存于我国安徽省南部等地区）。因为扬子鳄在现实生活中不再广泛存在，其在人们记忆中的印象便淡化消失，流传下来的只是祖先们创造的龙的形象，于是龙与扬子鳄成了两种不同的概念，龙的来历开始变得扑朔迷离。
早期的龙是无角的，在1987年河南省濮阳市发掘出土的一个距今6000年的古墓葬中就曾发现用蚌壳摆的扬子鳄（龙）图形。在仰韶文化彩陶上描绘的龙也是大头长尾的爬行动物。四川大足南山的云龙石刻雕塑则更是呈现出一个无角无须、蹙眉瞪目、活灵活现的扬子鳄形象。有角的龙最早见于商代甲骨文和青铜器上，山西省出土的一个商代青铜器龙纹觥的造型就出现了双角，器身纹饰则与扬子鳄的体纹完全相同。
汉字是象形文字，甲骨文中的龙字便是大口、曲体的动物形象。“龙”字的读音则是鳄鱼叫声的模拟音，鳄鱼发出的吼叫是低沉的“隆隆”声，因此，“隆”（龙）声就成了古代对鳄鱼的称谓，时至今日，扬子鳄在我国南方民间的俗称仍是“土龙”“猪婆龙”。
神灵的出现并非是盲目的有意编造，它是人类认识和经历的真实记录，古往今来，许多有关龙的记载、传说、民俗都与扬子鳄的生活习性相关。
扬子鳄生活在河湖沼泽地带，《左传》中“深山大泽，实生龙蛇”即指龙（即扬子鳄）与蛇生活在类似的环境中，是习性相近的两种动物。
扬子鳄在水边打造迷宫似的地下洞穴，洞底距地面2～3米，平时也多栖息于水中，故人们想象出“龙王居住在水底龙宫”的神奇景象。而每当发洪水扬子鳄因洞穴被冲毁而四处逃避时，人们便认为“龙王在兴风作浪”，岂不知扬子鳄也是洪水的受害者。扬子鳄以鱼、蛙、蚌等为食，蚌壳内多有珍珠。扬子鳄生性凶残，长期饥饿时还会自相残杀。扬子鳄争食蚌类时，嘴里吐出珍珠，便有了“二龙戏珠”之说。
扬子鳄六月交配，七月产蛋。雄鳄是通过叫声寻找雌鳄的（鳄鱼是唯一会叫的爬行动物），而每年六月正是黄河流域多雨季节的开始，于是人们把扬子鳄响亮的叫声与风雨的来临联系在一起。风雨欲来时的电闪雷鸣也启发了古人，认为风雨雷电与龙有密切的关系，于是古人视龙为雷雨之神，《山海经》中就有“雷泽有神，龙身人头”的记载，认定“龙可以呼风唤雨”。
《说文解字》中描述“龙……春分而登天，秋分而潜渊”。世界上仅有扬子鳄与密西西比鳄这两种生活在温带的鳄鱼需要冬眠。因气候原因，每到初冬时它们便进入冬眠期，当春天（农历二月）来临大地解冻时，蛰伏了一冬天的它们开始外出活动，同时这时候也到了黄河流域开始下雨的季节，先民们把二者也联系在一起，于是就有了“二月二，龙抬头”的说法。
诸如此类很多，就不一一列举了。至于龙与其他实有动物一起出现在十二生肖中也是很自然的，因为在夏商以前，古人所指的龙就是现实中的扬子鳄，而鳄鱼是全球范围内人们普遍关注崇拜的动物之一，在埃及以及希腊的十二生肖中也都有鳄鱼。
龙是祭神文化的特定产物，古籍中说：“水以龙。”可见龙是作为主水神灵被创造出来的（即传说中的龙王），关于龙与古代氏族社会的图腾崇拜有关的说法，没有充分的依据。自有文字记载以来，远古华夏民族的各氏族都是以汉字姓氏作标志的，没有用动物图形作标志的记载。远古人类的抽象思维能力很低，还不能用逻辑的方法思考问题，只能用类比、具象的方法认识事物，要创造一种综合各种动物特征的虚拟动物形象，是古代先民难以做到的。人的想象力总会受到某种制约，无论多么奇怪的神灵，都只能以真实性为背景创造出来；无论多么离奇的神话，最终都能在现实中找到构成它的原始素材，因此，龙不是虚拟的动物。
《尔雅·翼》中谈到龙有“九似”（角似鹿、颈似蛇、爪似鹰、头似牛、眼似虾、耳似象、腹似蛇、鳞似鱼、掌似虎），是指龙的局部形态与一些动物相似而已，并没有具体指出龙是综合哪九种动物的特点而创造出来的。古代外国民族的崇拜标志也都是实有动物（鹰、虎等）或人兽结合（狮身人面）的形象。