细菌的基本形态可分为球状、杆状和螺旋状三种，各形态的细菌相应地分别被称为球菌、杆菌和螺旋菌。

球菌呈球形或近球形。球菌分裂后产生的新细胞常保持一定的排列方式，在分类鉴定上有重要意义。根据球菌细胞分裂面和分裂后的排列方式，又可分为单球菌、双球菌、链球菌、四联球菌、八叠球菌和葡萄球菌。

杆菌细胞呈杆状或圆柱形。各种杆菌在长宽比例上差异很大，有的粗短，有的细长。短杆菌近似球状，长的杆菌近似丝状。有的菌体两端平齐，如炭疽芽孢杆菌（Bacillus anthracis），有的两端钝圆，如维氏固氮菌（A zotobacter vinelandii）。杆菌细胞常沿一个平面分裂，大多数菌体分散存在，但有的杆菌呈长短不同的链状，有的则呈栅状或“八”字形排列。

有的细菌细胞弯曲呈弧状或螺旋状。弯曲不足一圈的称弧菌，如霍乱弧菌（Vibrio cholerae）。弯曲度大于一周的称为螺旋菌。螺旋菌的旋转圈数和螺距大小因种而异。有些螺旋状菌的菌体僵硬，借鞭毛运动，如迂回螺菌（Spirillum volutans）。有些螺旋状菌的菌体柔软，借轴丝收缩运动，并称为螺旋体，如梅毒螺旋体（Treponema pallidium）。