阿尔金山脉位于新疆的东南部，东端一直绵延到青海和甘肃的省界上，西端以车尔臣河上游地区的河谷与昆仑山分开，全长720千米。
阿尔金山脉是巨大的隆起带，它由古老的变质岩发育而成。经过几次地壳运动以后，这一隆起带不断上升形成了高山峻岭。阿尔金山脉地势西高东低，平均海拔约为3000～4000米，最高峰为尤苏巴勒塔格，海拔约为6161米。阿尔金山脉的南北两坡很不对称，北坡的相对高度可达到2500米以上，而南坡的地势则比较缓和。
阿尔金山是世界上著名的干旱山区之一，植被垂直差异显著，以干旱荒漠植被为主，主要代表植物有哈头草、昆仑蒿、骆驼蒿等。