秦九韶曾是宋代道学的忠实信徒，道学思想对秦九韶极其所著《数学九章》有积极的影响作用，主要表现在关于数与道统一的思想；关于数学与人类社会的关系；关于探究数学算理的思想等方面。

宋代统治者对道学情有独钟，宋真宗时还加封老子为“太上老君”，宋徽宗时把《老子》列为太学以及各地方学校的课本上都必须专门讲授《老子》，就在统治者大力推崇《老子》的同时，《老子》的一些思想也渗透到理学之中。

秦九韶幼时就对道学感兴趣，其父在对他的教育方面也是循循善诱，顺其自然，任其发展，既不压抑特长，也不赶鸭子上架。而秦九韶的师傅魏了翁，师承了朱熹学派的理学思想，后又受陆九渊学说影响，自成一家。这些都让秦九韶受益匪浅。

后来，秦九韶受教于“隐君子”陈元靓，陈元靓是博学多才的学者，秦九韶在对中国传统数学有深入研究的陈元靓的指导和帮助下，潜心研读了许多古算书，特别是《九章算术》，这一点从其《数学九章》中留下了《九章算术》深深的足迹和影子很容易看出。

另外，秦九韶也推崇宋初的道人陈抟，陈抟以传统的道家思想为核心，参考儒家学说，奠定了宋代更深的基础，是理学的先驱。秦九韶对陈抟的道学思想主张有很高的评价，他还曾向对两宋理学有很深研究的陈振孙推介陈抟的身世、宗教思想等。

正是这诸多道学之士的耳濡目染、言传身教，以及当时社会思潮与思想方法的影响，使秦九韶成为了两宋道学的忠实信徒，并将道学的思想方法直接渗透到了他的数学成果之中。

《数学九章》在开篇的序言之初，秦九韶就指出：道是宇宙的本原，贯穿于一切事物之中。而“数”就是“道”，二者是完全统一的。因此，数和易道、天道、地道、人道是紧密相连的，因为数本身就体现了道。例如田亩人口征收赋役、营建、军旅、市场贸易等这些关系到千家万户的生计和利益的事情，都要参照《数学九章》中介绍的不同的数学方法，他明确指出“数与道非二本也”，再加上数学实践的切身体会，使他对于数学的重要性产生了较为清楚的认识。秦九韶高度评价数学的作用，反对轻贱数学的世俗看法。

总之，他认为，易道、天道、地道、人道所有这些在道洪畴中的因素都离不开科学，很好的认识自然、把握规律、发展经济、推动生产和生活的本身又体现了道。

道学家主张的“格物致知”、“即物穷理”的思想方法在秦九韶所著的《数学九章》中也有很好的体现。所谓“格物致知”与“即物穷理”，是指在接触和研究具体事物的过程中去发现其中的规律与本质。

在秦九韶看来，中国古代数学存在一个大弊病，那就是虽然能够解决一些具体的甚至很深奥的算题，但往往只知其表面而不知其所以解。例如“大衍术”就是这样。虽然被历代数学家所用，但却不知道其规律和定法。事实上，正是由于秦九韶给出了一次同余式的一般解法，才使这一方面的研究达到了“中国剩余定理”的高度，为中国古代数学的发展增添了新的内容。

古今中外，许多人为文做事，尤其是在“神明”、“性命”这类问题上，常常不懂装懂，自欺欺人。秦九韶与此相反，他坦诚自己在数学的学识浅薄，因此他十分重视和注意搜求天文历法、生产、生活、商业贸易以及军事活动中的数学问题，尽力满足社会实践的需要，并告诫人们要学好数学，精于计算，以避免由于计算错误而引起的种种不良后果。在中国古代大数学家中，只有秦九韶在对数学的作用的认识上如此坦率，反映了他具有不慕虚荣、实事求是，“知之为知之，不知为不知”的科学精神。